2009年由江苏省科技厅批准组建。目前中心设萃取精馏实验室、液液萃取研究室、反应萃取精馏实验室、过程优化模拟实验室、萃取精馏集成分离技术中试基地。主要研究方向为萃取分离集成技术、化工资源综合利用技术、医药中间体及精细化学品精制技术。该中心拥有多项国家发明专利，其中43个专利成果转化，与南化集团研究院、中石化扬子石化研究院、南京白敬宇制药有限责任公司、江苏钟山化工有限公司及扬州日兴生物科技股份有限公司等建立了长期“产学研”合作关系。