本工程中心是依托暨南大学水生生物学国家重点学科、生态学和环境学相关学科，在国家“211”建设项目“热带淡水生态学与生态系统恢复”和“养殖生态学与藻类资源利用”及台湾中山大学、香港城市大学等名校优势学科基础上组建的，是在完成一系列国家“973”、“863”、国家自然科学基金项目和其他国家、省部级项目的基础上提出的一个新课题。其主要目的是以低成本污水处理和水环境修复生态工程技术与材料的现有知识产权为基础，通过建设国内外一流的研发基地，运用现代化的运行机制，整合社会科技资源，为解决水环境保护重大科技问题、促进环保高技术产业的发展、实现国家水环境保护目标和可持续发展提供技术支持和服务。 本工程中心建设内容包括：1）水环境和水生态工程技术研究、材料研制及设备开发，如污染湖、库、河流修复、小城镇污水处理、养殖水体净化、海洋环境修复、高效利用废水生产藻类生物质能等；2）全流程过程自控的污水处理与资源化研究中试基地与多个移动式中试装置建设，配有仪器设备较为完善的分析测试中心，具有试验装置与设备的生产加工能力；3）合作建成2-3 个水污染控制和生态修复示范工程、2-3 个产业化基地。